贝·布托曾两次出任巴基斯坦总理，其第一次担任总理不到两年即被总统宣布解散政府，理由是政治无能、治国不善和贪污腐败，但因政局混乱，这些指控当时被视为政治对手的攻击之词一带而过。而当１９９６年，第二次出任总理的贝·布托仍然被以同样的理由解散政府后，人民开始产生疑问，要求查明真相。借此之机，贝·布托的政治对手谢利夫利用时任总理的职权，操纵政府成立了清查机构，对贝·布托及其家族的腐败行为进行了深入追查，并首先对贝·布托的丈夫扎尔达里动手。

扎尔达里在巴基斯坦有个几乎人人皆知的绰号“百分之十先生”，据说他担任政府投资部部长期间，只要有公司想通过他拿到项目，就必须将项目总值的１０％送给他，否则休想竞标成功。１９９６年，贝·布托下台后，扎尔达里受到腐败、毒品走私等１０多项指控，被逮捕入狱。但是由于布托家族藏匿巨款的瑞士政府一直不予配合，案件的查办工作举步维艰。与此同时，贝·布托也不断发表声明指责这起案件是政治迫害，抗议政府的行为。清查机构陷入困境。

１９９７年７月，在一个神秘人士那里，清查机构获取了扎尔达里和贝·布托的母亲在海外非法注册代理公司和开设银行账户以及收受回扣的记录和资料。于是，巴基斯坦政府再次向瑞士政府提出提供司法协助的要求。迫于舆论压力，瑞士政府成立了专门的调查小组，查明了布托家族非法存款的情况，并宣布正式冻结布托家族的部分账户，总额近１４００万美元。鉴于布托家族在英国、法国、德国和美国等国仍有据称达１５亿美元的巨额存款和房地产等投资，巴基斯坦政府又向上述国家提出了同样的要求，并重点对英国开展了外交攻势。１９９８年７月，伦敦法院宣布暂时冻结可能属于扎尔达里的资产和银行账户。

经过耗资巨大的调查，巴基斯坦政府对贝·布托、扎尔达里及其他家族成员提出了数十项指控，其中，涉及利用职权从事腐败活动的犯罪主要表现为扎尔达里利用自己的特殊地位从事中介代理获取各种好处费。但是，由于谢利夫政府清查布托家族的腐败犯罪带有浓重的政治目的，导致调查目的带有功利性、调查程序急于求成、调查证据时有遗漏，甚至还被揭露出为了增强舆论对布托家族的抨击力度，清查机构人为制造假证据的丑闻。这些情况，直接影响了布托家族腐败案件的审理进度和审理结果，使得案情扑朔迷离。

１９９９年４月，趁贝·布托赴英国休养之机，巴基斯坦拉合尔高等法院反贪污法庭宣布，贝·布托在任职期间收受巨额回扣，判处其五年监禁，罚款８６０万美元。扎尔达里同时被判有罪，入狱服刑。自此，贝·布托流亡英国。

但是，１９９９年１１月，谢利夫政府被推翻，新政府经过清查，认定谢利夫在任职期间涉嫌洗钱４０００万美元、逃税６０００万美元、诈骗１０００万美元等贪污腐败犯罪，谢利夫被迫流亡阿拉伯国家。此后，贝·布托向新政府提出了申诉。２００１年，巴基斯坦最高法院宣布决定搁置两年前的判决，重新审理布托家族腐败案件。此后，一名逃往国外的巴基斯坦情报局副局长又宣称手中有秘密录音带，显示法院１９９９年的判决是在谢利夫的威胁下被迫作出的。一时间，布托一案再起波澜，孰是孰非，人们拭目以待。