１９９０年３月１５日，科洛尔就任巴西总统。他是巴西第一位直选产生的总统，为了树立清廉形象，就职时，他仍住在巴西利亚老家的简朴的牧场住宅里。不少百姓天真地认为，他们选了一位清正廉洁的总统。

然而，１９９２年５月１３日，科洛尔的亲弟弟佩德罗却向巴西最有影响的杂志披露了科洛尔与大富豪法里亚斯的肮脏勾当。消息传出，整个巴西哗然。

６月初，巴西议会成立了“法里亚斯专案”调查委员会，经过长达８４天的大调查，结果令人吃惊：４万张作废支票，数公里长的电话账单，上百万张受贿收据，科洛尔贪财原形毕露。而法里亚斯的非法所得却是近２亿美元。

在事实面前，科洛尔却不愿低头。６月２１日，他向全国发表讲话，否认对他的指控。然而，几天后，他私人秘书的司机却向媒介透露，法里亚斯通过总统的私人秘书为科洛尔及其家人支付开销。这是科洛尔与法里亚斯来往密切的第一个重要证据。

８月２４日，巴西国会调查委员会公布了长达３００页的调查报告，指控法里亚斯犯有行贿受贿、滥用与总统的个人关系进行敲诈、偷税漏税等罪行。同时指控科洛尔犯有渎职罪和间接受贿罪。８月２６日，调查委员会通过了这份报告，认定科洛尔在执政两年多时间里与法里亚斯集团有直接密切的联系，并获得了不正当的收入。根据巴西宪法，这项报告使得每一个公民都有资格要求国会开始弹劾程序。

９月１日，巴西记者协会主席和律师协会主席向众议院提交了弹劾总统的议案。就连科洛尔政府的主要支柱——巴西自由阵线党全国领导委员会副主席穆西奥也公开表示投票支持弹劾总统。９月２９日，弹劾案被通过。３０日，参议院也通过了此项议案，并任命了一个由２１人组成的审理委员会，对科洛尔进行政治审判。

１０月２日，参议院向科洛尔发出停职令。然而，科洛尔依然为自己进行徒劳的辩解。１０月２６日，他向参议院递交了一份辩护书，继续否认他任总统期间与法里亚斯有任何联系。１１月１０日，巴西电讯公司的一份报告指出，科洛尔在两年零七个月的总统任期中，曾与法里亚斯通话４７９次。科洛尔的谎言再一次被揭穿。

１１月１２日，巴西总检察长对科洛尔提起刑事诉讼，指控他犯有腐败、非法致富等２０余项罪行。然而，科洛尔仍拒不辞职，这样，他被弹劾就在所难免了。

１２月２９日上午，参议院开始对科洛尔一案进行最后裁决，并获得通过：科洛尔因玩忽职守、贪污受贿，剥夺其在２０００年前担任公职的权利。就这样，担任了两年多总统职务的科洛尔被弹劾了。

１９９３年１月，巴西联邦最高法院院长通知科洛尔，他将受到法庭审判。１９９４年１２月７日，科洛尔受贿案开庭审判，科洛尔被指控在任总统期间接受来路不明的现金数额高达４７０万美元。１２月８日，大法官作出裁决，认定原告一方提供的有关法里亚斯罪证的电话录音和电脑硬盘，是通过非法手段获得的，侵犯了法里亚斯的基本权利，因而不能作为判决的依据。这实际上已表明科洛尔很有可能被判无罪。果然，在同月１２日，科洛尔被判决无罪。同案被起诉的法里亚斯，也被宣判无罪。但对于科洛尔来说，参议院原来作出的剥夺其８年担任公职权利的决定依然有效。